Elles représentent 11 % des 423 communes de l'Yonne et regroupent 0,9 % de la population.
Les communes sont classées par ordre alphabétique ; leur population figure dans le tableau.
La liste des communes de moins de 100 habitants dans l'Yonne
| Commune | Habitants | km² |
|---|---|---|
| Aigremont | 74 | 6,8 |
| Annoux | 85 | 9,0 |
| Argentenay | 82 | 5,1 |
| Baon | 58 | 8,6 |
| Beauvilliers | 77 | 6,2 |
| Béru | 80 | 5,2 |
| Bois-d'Arcy | 25 | 3,5 |
| Censy | 52 | 4,9 |
| Cérilly | 52 | 7,3 |
| Chamoux | 96 | 6,9 |
| Courtoin | 40 | 6,2 |
| Domecy-sur-le-Vault | 86 | 6,2 |
| Festigny | 93 | 5,6 |
| Fontenay-sous-Fouronnes | 90 | 12 |
| Fresnes | 61 | 5,0 |
| Gigny | 85 | 11 |
| Gland | 36 | 17 |
| Jouancy | 30 | 5,9 |
| Junay | 61 | 3,6 |
| La Chapelle-Vaupelteigne | 88 | 5,0 |
| Lichères-sur-Yonne | 49 | 14 |
| Marmeaux | 88 | 11 |
| Menades | 38 | 5,7 |
| Mercy | 77 | 2,7 |
| Pasilly | 55 | 10,0 |
| Pimelles | 62 | 9,9 |
| Pisy | 80 | 12 |
| Quincerot | 51 | 9,9 |
| Ronchères | 88 | 11 |
| Rugny | 78 | 14 |
| Sainte-Vertu | 70 | 14 |
| Sambourg | 64 | 12 |
| Santigny | 86 | 9,4 |
| Sauvigny-le-Beuréal | 67 | 4,8 |
| Sennevoy-le-Bas | 76 | 8,7 |
| Sery | 80 | 4,3 |
| Stigny | 92 | 18 |
| Talcy | 84 | 6,9 |
| Tharoiseau | 68 | 3,4 |
| Thorey | 45 | 6,9 |
| Trichey | 44 | 6,6 |
| Vassy-sous-Pisy | 65 | 7,5 |
| Vézannes | 53 | 9,0 |
| Villy | 98 | 5,8 |
| Vireaux | 99 | 15 |
Source : Insee, populations légales (population totale) en vigueur au 1er janvier 2026 ; superficies : IGN / Observatoire des territoires. Paris, Lyon et Marseille comptent chacune pour une commune. Sources des données.