Elles représentent 2,8 % des 423 communes de l'Yonne et regroupent 35 % de la population.
Dans les communes de 3 500 habitants et plus, un débat d'orientation budgétaire est obligatoire au conseil municipal dans les deux mois qui précèdent le vote du budget (article L2312-1 du code général des collectivités territoriales). C'est aussi à partir de ce seuil que le ministère de l'Intérieur attribue une nuance politique aux listes candidates aux élections municipales.
Les communes sont classées par ordre alphabétique ; leur population figure dans le tableau.
La liste des communes de plus de 3 500 habitants dans l'Yonne
| Commune | Habitants | km² |
|---|---|---|
| Auxerre | 36 245 | 50 |
| Avallon | 6 465 | 27 |
| Charny Orée de Puisaye | 4 967 | 230 |
| Joigny | 9 306 | 47 |
| Migennes | 6 765 | 17 |
| Monéteau | 4 196 | 18 |
| Paron | 4 940 | 11 |
| Saint-Florentin | 4 217 | 29 |
| Sens | 27 600 | 22 |
| Tonnerre | 4 421 | 58 |
| Villeneuve-la-Guyard | 3 516 | 17 |
| Villeneuve-sur-Yonne | 5 212 | 40 |
Source : Insee, populations légales (population totale) en vigueur au 1er janvier 2026 ; superficies : IGN / Observatoire des territoires. Paris, Lyon et Marseille comptent chacune pour une commune. Sources des données.